网站建设运用全Flash网站技术会引发几个问题，在网站运行中，会给大多数用户带来麻烦。
带宽与下载时间的限制：用Flash技术设计的网站，占用大量的宽带空间，下载速度很慢。一定记住：并不是所有用户都利用宽带上网。
可用性限制：用老版本Flash设计的网站，后退键没有作用：点击后退键会使你退出Flash网站，而不是返回上一层网页。同时，链接以及非链接的标准颜色会发生改变，并且用户须控制需要利用的文本尺寸。而且，Flash经常带来网站交互问题。由于Flash支持类似于电视的呈现模式方法，所以用户经常作为观赏者出现。不管画面多么精美，过一段时间，用户就会对内容产生厌烦。
搜索引擎的限制：尽管像Google这样的大型搜索引擎，现在具备了对Flash做索引的能力，但搜索内容仍然非常有限，所以Flash网站不会在搜索引擎中获得好的排名。解决这个问题的一种方法是：利用HTML设计网站，这样的网站会有一个好的排名。利用Flash设计网站，会增加不必要的金钱和时间开支，其实HTML网页就可以完成所有的功能。
网站建设尽管Flash存在以上几个缺点，但它同样有自己的优点：
可以运用Flash，展示内容，比如：展示公司样品。开发互动游戏时，可以运用Flash，比如：SesameStreet、Nickelodeum,、Yahoo!Games等儿童游戏，都使用了Flash当你想装饰简约网站时，你可以运用小型Flash动画，或者在HTML文件中插入标语性质的Flash，这样不会占用过多的宽带空间，下载速度很快，并且可以增加网站的观赏性。
尽管，Macromedia(Flash开发公司)正在积极采取方法改善Flash的可用性问题(甚至在2002年组成以网站可用性研究专家JakobNielsen为首的工作组，专门研究这个问题)，但是下载速度慢、搜索引擎对其不友好的问题，仍然没有解决。在这些问题解决以后，如果利用Flash可以增加网站价值，那你可以运用。
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